Depuis que Séphiroth a été vaincu, la Shin Ra avait arrété les expériences avec les gènes de Jénova le fléau tombé du ciel. Rufus était toujours président de la Shin Ra. Une rumeur se répend en disant qu'un retour de Séphiroth est peut-être possible. Rufus décida de se joindre au groupe terroriste Avalanche afin de détruire à jamais Séphiroth pour sauvergarder la vie de la Terre.